دانشگاه گیلان تحقیقات تولیدات دامی 2252-0872 4 3 2015 11 22 Analysis of genetic structure of Iranian indigenous cattle populations using dense single nucleotide polymorphism markers آنالیز ساختار ژنتیکی جمعیت گاوهای بومی ایران با استفاده از نشانگرهای متراکم چندشکل تک نوکلئوتیدی 93 104 1417 FA کریم کریمی دانشجوی دکترای ژنتیک و اصلاح نژاد دام، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان عضو انجمن پژوهشگران جوان، دانشگاه شهید باهنر کرمان علی اسماعیلی زاده کشکوئیه استاد گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان مسعود اسدی فوزی دانشیار گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان Journal Article 2015 12 13 The objective of this study was to detect genetic structure of Iranian indigenous cattle using dense single nucleotide polymorphism (SNP) markers. In total, 90 cattle individuals comprising Sarabi (n=20), Kurdi (n=10), Mazandarani (n=10), Taleshi (n=10), Sistani (n=10), Kermani (n=10), Najdi (n=10) and Fars (n=10) breeds were sampled. Genotyping was performed using Illumina High-density Bovine BeadChip designed to genotype 777,962 SNPs. After removing sites being in linkage disequilibrium (pairwise sites having r² greater than 0.2), 64333 SNPs remained for further analyses. STRUCTURE software was used to detect genetic structure of native cattle in this data set. Number of assumed populations per run was selected between two to eight. Results of this study indicated that in the first level of clustering (K=2), Sarabi (97.6%) and Kurdi (94.3%) populations shared the same cluster and Sistani (92%) had another separate cluster while other breeds were admixed from these two clusters. Kurdi population appeared as an independent cluster at K=3. Most suitable number of genetic groups in data set was explained by three clusters (K=3). Genetic differentiation of Iranian indigenous cattle was well detected in this study. Also, similarities of geographical distribution and production characteristics were in good accordance with founded genetic relationships in this study. این تحقیق با هدف بررسی ساختار ژنتیکی گاوهای بومی بر اساس استفاده از نشانگرهای چندشکل تک­نوکلئوتیدی انجام شد. بدین منظور تعداد 90 راس گاو از نژادهای سرابی (20)، کردی (10)، مازندرانی (10)، تالشی (10)، سیستانی (10)، کرمانی (10)، نجدی (10) و توده بومی فارس (10) مورد نمونه­برداری قرار گرفتند. تعیین ژنوتیپ نمونه­ها با استفاده از چیپ Illumina High density Bovine BeadChip با تراکم 777962 جایگاه انجام شد. پس از حذف جایگاه­های دارای عدم تعادل پیوستگی (جفت جایگاه­های دارای r² بالاتر از 2/0)، 64333 جایگاه SNP جهت آنالیزهای بعدی باقی ماندند. برنامه STRUCTURE جهت بررسی ساختار ژنتیکی گاوهای بومی کشور در این مجموعه داده­ به کار گرفته شد. تعداد جمعیت­های فرض شده در هر اجرا از دو تا هشت جمعیت در نظر گرفته شد. نتایج حاصل از این تحقیق نشان داد که در اولین سطح خوشه­بندی (2K=)، جمعیت­های سرابی (6/97%) و کردی (3/94%) در خوشه مشترکی قرار گرفته­اند و نژاد سیستانی (92%) نیز خوشه متمایز دیگری را به خود اختصاص داده است، در حالی­که سایر نژادها آمیخته­ای از این دو خوشه بودند. تعداد سه خوشه (3K=) به بهترین شکل تعداد گروه­های ژنتیکی موجود در مجموعه داده­ها را توجیه کرد. وجود سه خوشه (3K=) در داده­ها موجب قرار گرفتن نژاد کردی در یک خوشه مستقل شد. در این مطالعه تفاوت­های ژنتیکی گاوهای بومی ایران به خوبی به وسیله داده­های متراکم SNP شناسایی شدند. همچنین شباهت­­های مربوط به توزیع جغرافیایی و خصوصیات تولیدی گاوها نیز با روابط ژنتیکی یافت شده در این مطالعه انطباق داشتند. https://ar.guilan.ac.ir/article_1417_8dd8168070658b777a4a416a61c6667c.pdf