دانشگاه گیلان تحقیقات تولیدات دامی 2252-0872 7 3 2018 11 22 Identification of differentially expressed genes in H5N1 infected chickens using meta-analysis of DNA microarray datasets شناسایی ژن‌های متفاوت بیان شده در جوجه‌های آلوده به ویروس H5N1 با استفاده از فرا‌تحلیل داده‌های ریزآرایه DNA 13 23 3180 10.22124/ar.2018.9622.1283 FA مونا صالحی نسب دانشجوی دکتری دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری قدرت الله رحیمی میانجی استاد دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری اسماعیل ابراهیمی دانشیار پژوهشکده بیوتکنولوژی دانشگاه شیراز سید علی غفوری استادیار سازمان دامپزشکی ایران Journal Article 2018 01 27 During the last years, gene expression profiling has revealed specific genes which are involved in the regulation of host response to several diseases. Avian Influenza infection is one of the important diseases in poultry industry. The aim of the present study was to identify significantly involved genes in H5N1 infection using the meta-analysis of two DNA microarray datasets of host response to influenza infection. The meta-analysis revealed that STK17B, CCL4, MCM9, IRF7 and IL6 were differentially expressed using Fisher, AW and maxP methods. We used real-time PCR to validate the differential expression of identified genes. For this aim, the previously H5N1-infected samples were used. The real-time PCR results of all five genes confirmed the differential expression between infected and non-infected samples and also the type of regulation obtained from meta-analysis significantly. The genes IL6, IRF7 and CCL4 were over expressed while STK17B and MCM9 were down expressed in infected samples. The results suggested that the meta-analysis is a robust method to find differentially expressed genes which may be ignored in individual analysis. These genes may play some critical roles in host response. پیدا کردن نیم‌رخ بیان ژنی در طول سالهای اخیر، منجر به شناسایی ژنهای خاص در پاسخ به بیماریهای گوناگون شدهاست. یکی از این بیماریهای مهم در صنعت طیور، بیماری آنفولانزا است. هدف از پژوهش حاضر، شناسایی ژنهای موثر در بروز آنفولانزای ناشی از ویروس H5N1 با استفاده از فراتحلیل دو مجموعه داده ریزآرایه DNA که بیان ژنهای میزبان در پاسخ به آنفولانزا را مورد بررسی قرار داده بودند، بود. فراتحلیل نشان داد که ژنهای STK17B، CCL4، MCM9، IRF7 و IL6 با روشهای Fisher، AW و maxP متمایز بیان می‌شوند. برای تایید تمایز بیان ژنهای شناسایی شده در آزمایشگاه از Real-time PCR استفاده شد. بدین منظور از نمونههایی استفاده شد که پیشتر با ویروس H5N1 چالش داده شده بودند. نتایج برای هر پنج ژن انتخابی، تمایز بیان آنها را در حالت مواجهه با آلودگی و حتی جهت تنظیمی بیان را که در فراتحلیل مشاهده شده بود، در سطوح معنیدار تایید نمود، به گونهای که ژنهای IL6، IRF7 و CCL4 افزایش بیان و ژنهای STK17B و MCM9 کاهش بیان نشان دادند. این نتایج پیشنهاد میدهند فراتحلیل روشی بسیار قوی در شناسایی ژنهایی است که ممکن است در پژوهشهای انفرادی مورد توجه قرار نگیرند. این ژنها ممکن است نقش حیاتی در تنظیم پاسخ میزبان ایفا نمایند.

https://ar.guilan.ac.ir/article_3180_7035ac218cc333a5bda72fa1bb51cb0e.pdf