چندشکلی اگزون 2 ژن MHC- DRB3 در بز سرخ جبال بارز

نوع مقاله : مقاله پژوهشی

نویسندگان

1 دانشیار گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان

2 دانشجوی کارشناسی ارشد گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان

چکیده

بز سرخ جبال‌بارز با جمعیتی بالغ بر 450 هزار رأس در منطقه جیرفت و کهنوج پرورش می‌یابد و با تولید کرک، گوشت قرمز و محصولات لبنی از منابع درآمد مهم عشایر و دامداران محسوب می‌شود. در این پژوهش که به منظور بررسی چند شکلی ژن GOLA-DRB3 با استفاده از PCR-REFLP در این دام‌ها صورت گرفت از 100 بز به صورت تصادفی و انفرادی خونگیری شد. سپس DNA نمونه‌های خون دام­ها با استفاده از کیت استاندارد استخراج و تعیین کمیت و کیفیت شد. ناحیه اگزون 2 جایگاه GOLA-DRB3 به طول bp285 با روش Heminested-PCR در دو مرحله تکثیر و محصول PCR توسط آنزیم TaqI برش داده شد. محصولات هضم شده توسط الکتروفورز با ژل اکریل آمید10% یا ژل 2% و رنگ آمیزی اتیدیوم بروماید آشکار شد. نتایج هضم محصولات PCR با آنزیم TaqI شامل دو قطعه 163bp و bp 122 (الگوی هضمی T) یا قطعه هضم نشده bp 285 )الگوی هضمی T) بود. جمعیت از لحاظ ژن  GOLA-DRB3انحراف از تعادل هاردی- واینبرگ نشان نداد (05/0P<). شاخص شانون، شاخص نیی، هتروزایگوسیتی مشاهده شده و هتروزایگوسیتی مورد انتظار به ترتیب 69/0، 50/0، 52/0 و 50/0 محاسبه شد. نتایج نشان داد که جمعیت مورد مطالعه تنوع ژنتیکی خوبی دارد و کارایی نشانگر GOLA-DRB3 جهت تعیین تنوع ژنتیکی خوب است. با استفاده از نتایج این پژوهش و پژوهش های قبلی و با در دست داشتن رکوردها و اطلاعات کمی جایگاه در این جمعیت، می‌توان شناسایی و تعیین محل جایگاه‌های مؤثر بر صفات کمی را انجام داد.

کلیدواژه‌ها

عنوان مقاله [English]

Polymorphism of the Second Exon of MHC-DRB Gene in Jabal-Barez Red Goat

نویسندگان [English]

  • M.R. Mohammadabadi 1
  • K. Dastafkan 2
1 Academic member of Animal Science Department, Faculty of Agriculture, Shahid Bahonar University of Kerman
2 MSc student of Animal Science Department, Faculty of Agriculture, Shahid Bahonar University of Kerman
چکیده [English]

More than 450000 Jabalbarez Red Goat are breeding in the cities of Jiroft and Kahnooj and produce cashmere,
meat and dairy products. In this study which was carried out to analyse the polymorphism of GoLA-DRB3
gene in Jabalbarez Red goat using PCR-RELP, blood samples were randomly and individually taken from 100
goats. Then DNA was extracted from blood samples using DIAtom DNA prep Kit and its quantities and
qualities were determined. Exon 2 of DRB 3.2 gene encompassing 285 bp amplified with heminested-PCR
method in two rounds and PCR products were digested into fragments at 122bp and 163bp (T restriction
pattern) or an undigested fragment at 285bp (t restriction patten). The Population was hardy-Weinberg
equilibrium (P<0.05). Shanon Index, Nei index, observed heterozygosity and expected heterozygosity were
calculated 0.69, 0.50, 0.52 and 0.50 respectively. Results show that the studied population has good genetic
diversity, and the efficiency of GOLA-DRB3 marker for determination of genetic diversity is good. By using
the results of this study and previous studies and the application of quantitative records and information for
locus of this population, loci affecting quantitative traits can be detected.

کلیدواژه‌ها [English]

  • GoLA-DRB3 gene
  • Jabalbarez Red goat
  • PCR-RFLP

مراجع

Abbaszadeh Mehrabadi A., Mohammadabadi M.R.,
Esmailizadeh K. A. and Alinaghizadeh R. 2011.
Polymorphism studying Exon 2 of GoLA-DRB3
gene in Nadoushan Goat using PCR-RFLP.
Animal Science Researches of Iran, 3: 274-279.
(In Farsi).
Ahmed S. and Othman E. 2006. A PCR-RFLP
method for the analysis of Egyptian goat MHC
class II DRB gene. Biotechnology, 5: 58-61.
Amills M., Francino O. and Sanchez A. 1995.
Nested PCR allows the characterization of
 
TaqI
and
 
PstI RFLPs in the second exon of thecaprine
MHC class II DRB gene. Vet. Immunol.
Immunopathol. 48, 313-321.
Amills M., Francino O. and Sanchez A. 1996. A
PCR-RFLP typing method for the caprine MHC
class II DRB gene. VeteriImmunology and
Immunopathology, 55: 255.
Baghizadeh A., Bahaaddini M., Mohamadabadi M.
R., and Askari N. 2009. Allelic Variations in
Exon 2 of Caprine MHC Class II DRB3 Gene in
Raeini Cashmere Goat. American-Eurasian
Journal of Agriculture and Environmental
Science, 6: 454-459.
Bahaaldini M. 2008. Polymorphism studying Exon
2 of GoLA-DRB3 gene in Raini Cashmere Goat
using PCR-RFLP. MSc dissertation, Zabol
University, Zabol, Iran. (In Farsi).
Davies C. J. and Andersson L. 1997. Nomenclature
for the factors of the BoLA system. 1996: report
of the ISAG BoLA Nomenclature Committee.
Animal Genetics, 28: 159–168.
Dietz A. B. and Cohen N. D. 1997. Timms and
Kehrli M. E., Bovine Lymphocyte Antigen
Class II Alleles as Risk Factors for High
Somatic Cell Counts in Milkof Lactating . Dairy
Cows. J Dairy Sci, 80: 406–412
Herrmann S. and Wortmann F.J. 1997.
Opportunities for the simultaneous estimation of
essential fleece parameterrs in raw cashmere
fleeces. Livestock Production Science, 48:1-12
Li
 
, M. and Zhao S. 2005. Allelic variations in exon
2 of caprine MHC class II DRB3 gene in
Chinese indigenous goats. Small Ruminant
Research, 66: 236–243.
Miretti M. M., Ferro J. A. , Lara M. A. and Contel
E. P. B. 2001. Restriction Fragment Length
Polymorphism (RFLP) in Exon 2 of the BoLADRB3
Gene in South American Cattle.
Biochemical Genetics, 39: 311-324
Mohammadi A., Nassiry M. R., Mosafer J.,
Mohammadabadi M. R. and Sulimova G. E.
2009. Distribution of BoLA-DRB3 Allelic
Frequencies and Identification of a New Allele
in the Iranian Cattle Breed Sistani (Bos indicus).
Russian Journal of Genetics, 45: 198–202.
Moore S.S., Sargeant L. L., King T. J., Mattick J. S.,
Georges M. and Hatzel D. J. S. 1991. The
conservation of dinucleotide microsatellites
among mammalian genomes allows the use of
heterologous RCR primer pairs in closely related
species. Genomics, 10: 654-660.
Msoffe P. L., Mtaambo M. M. A., Minga U. M.,
Juul-Madsen H. R. and Gwakisa P. S. 2005.
Genetic structure among the local chicken
ecotypes of Tanzania based on microsatellite
DNA typing. African Journal of biotechnology,
4: 768-771.
Nei M. 1978. Estimation of average heterozygosity
and genetic distance from a small number of
individuals. Genetics, 89: 583-590
Ruff G., U. Sattler, Martinez D., Maillard J.,
Chartier C., Saitbekova N., Glowatzki M. and
Gaillard C. 2003. Association studies using
random and candidate microsatellite loci in two
infectious goat diseases. Genetic Selection, 35:
113–119.
Ruzina M. N., Shtyfurko T. A., Mohammadabadi M. R., Gendzhieva O. B., Tsendsuren T. and
Sulimova G. E. 2010. Polymorphism of the
BoLA_DRB3 Gene in the Mongolian, Kalmyk and
Yakut Cattle Breeds. Russian Journal of Genetics,
46 (4): 456–463.
Sheikh F. D., Bhattacharya T. K., Kumar P. and
Sharma A. 2006. DRB3.2 gene polymorphism
and its association with pashmina production in
Changthangi goat. Journal compilation, 271-
276.
Sun D. 2004. Polymorphism analysis of the GOLADRB3
gene digested with
 
HaeIII in Mongolian
goat and Kazakh goat. College of Animal
Science and Technology, China Agricultural
University
Sun D. and Yuan Z. 2004. Polymorphisms of the
Second Exon of MHC-DRB Gene in Chinese
Local Sheep and Goat
 
. Biochemical Genetics,
42: 385-390.
Van Oorschot R. A. H., Maddox J. F., Adams L. J.
and Fabb S. A. 1994. Characterization and
evolution of ovine MHC class II DQB sequence
polymorphism. Animal Genetics, 25: 417.
Wang K., Sun D. X. and Zhang Y. 2007.
Identification of genetic variations of exon 2 of
BoLA
 
-DQB gene in five Chinese yellow cattle
breeds. International Journal of Immunogenetics, 34: 115–118.

فایل ها

هم رسانی

ارجاع به این مقاله

آمار